摘要:摘要;目的建立一种病原宏基因高通量测序方法,并验证其检测性能。方法惇筛选不同核酸投入量的文库构建条件,分别测试5 ng,50 ng , l00 ng 3种核酸投入量,20 min ,25 min ,310 min3种片段化时间,7个、5个,3个3种扩增循环数,通过分析文库浓度和片段大小,确定最佳建库条件。选择真菌、革兰阳/阴性细菌的代表菌;白念珠菌,金黄色葡菊球菌,表皮葡萄球菌,大肠埃希菌和格特隐球菌,按照1:l的投入量,制备3种不同浓度混合菌悬液,分别添加I0’个/mL的T细胞悬液,制备参考品。通过参考品确认自建方法(方法l)的性能,并以方法2(DNA样本文库构建试剂盒联合探针锚定聚合测序法)为对照,确认两种方法一致性。结果确定了新建病原宏基因测序鉴定方法的最佳建库条件;核酸投入量50 ng,核酸打断时间20 min,PCR扩增循环数5个。方法Ⅰ阳性符合率(准确性),阴性符合率(特异性)可达I00% ,检出限为500 CFU/ml,线性样本中各种微生物检出每百万序列数(reads per million ,RPM)的相关系数(r)>0.9,细菌检出变异系数(CV)在10%以内,真菌CV约为20%。以方法2对照,二者检测结果一致性为100%。结论建立一种病原微生物宏基因测序鉴定方法,该方法结果准确、稳定可靠，适用于肺泡灌洗液类样本的病原微生物检测。

摘要:摘要:目的探讨台州地区流行的耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CRECC)的碳青霉烯酶耐药基因及其体外药敏分布,为临床有效抗感染治疗提供依据。方法―回顾性分析2015年1月至2022年11月送检于台州恩泽医疗中心(集团)恩泽医院,路桥医院的47株CRECC,采用NC-Test Carba 5测定碳青霉烯酶酶型,C.atba-E Xpert检测碳青霉烯酶耐药基因,并检测常见药物体外药敏分布。结果47株CRECC共检出27株产碳青霉烯酶,其中24株产新德里金属β内酰胺酶(NDM)型,1株同时产肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶(KPC)和NDM型,2株产亚胺培南酶(IMP)型;另有1株CRECC基因型为NDM型而未检出NDM酶型。CRECC对多黏菌素B敏感性最高(95.7%) ,其次为替加环素(93.6%)、磷霉素(61.7%)和头孢他啶/阿维巴坦(40.4%)。产碳青霉烯酶的CRECC对多黏菌素B,磷霉素和氨曲南敏感性高于非产酶株。结论﹐台州地区CRECC菌株以NDM型为主,对多黏菌素B,替加环素和磷霉素敏感性较高。NC-Test Carba 5不能覆盖部分不产碳青霉烯酶或碳青霉烯酶发生突变的菌株。

摘要:摘要:目的探讨重症监护室(intensive care unit ,IlCU)患者和社区健康成人肠道内肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae ,KP)的检出情况并对其毒力基因和耐药性进行分析。方法﹐收集2020年12月至2021年12月温州医科大学附属第三医院就诊的ICU患者和社区健康成人的粪便拭子或粪便标本,进一步筛选KP。采用拉丝试验鉴定高黏液( hypemucoviscosity ,HM)表型;采用Viek 2全自动微生物分析系统和K-B纸片扩散法进行药敏试验;采用PCR筛选超广谱β-内酰胺酶,碳青霉烯类耐药基因,9个毒力相关基因( allS ,entB,fimH ,jiutA 、 hfu , magA , mrkD ,rmp4 ,ybtS)和6个高毒力英膜血清型(Kl ,K2,K5 ,K20,K54和K57) ,并分析其多位点序列分型( mulilocus sequence typing ,MLST)。采用SPSS 23.0软件对数据进行统计分析。结果﹐共收集粪便拭子或粪便标本448份,其中ICU患者140份,健康成人308份;分离出KP 89株,其中ICU患者36株(25.7% ) ,健康成人53株(17.2%) , ICU患者检出率高于健康成人(X'=4.375,P<0.05)。ICU患者检出9株(25%)高黏液肺炎克雷伯菌(HMKP') ,健康成人检出19株(35.8%),两组间的检出率差异无统计学意义(=1.170,P>0.05)。HMKP和健康成人检出的KP除对氨苄西林天然耐药外,对常用的抗生素仍相当敏感。ICU患者KP对临床常用药物均有不同程度的耐药,除妥布霉素外,ICU患者对头孢菌素类,青霉素酶抑制剂类,碳青霉烯类,喹诺酮类,氨曲南,庆大霉素,阿米卡星,复方磺胺嗓唑的耐药性均高于健康成人(P均<0.05);检出18株(50%)产超广谱β-内酰胺酶( extended-spectrum β-lactamase,ESBL)KP,且均为非HM表型,有6株为耐碳青霉烯酶KP(carkapenem resistant Klebsiella pneumonice ,CRKP)。5株CRKP携带KPC酶,均为ST11型; 1株携带NDM酶,为ST1855型。共检出27株高毒力荚膜血清型(30.3%)阳性KP,以K1,K2,K57为主,未检出K5,ICU患者与健康成人9个毒力基因和5个高毒力荚膜血清型的检出率差异均无统计学意义(P均>0.05)。两组人群均检出高危ST分型。结论本地区健康成人肠道内检出高毒力高危型KP,增加了从社区转移至医院感染的危险性,且在ICU患者肠道内检出耐碳青霉烯酶ST11型,应高度警惕耐药质粒的传播。

摘要:摘要:目的﹐检测原发性肝细胞癌(HCC)患者血清IncRNA P53RRA的表达水平,探讨其在肝细胞癌中的临床应用价值。方法选取2019年11月至2020年12月于复旦大学附属中山医院就诊的93例HCC患者作为HCC组,另选取同期88例体检健康者作为健康人对照组。收集各组血清样本,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测血清IncRNA P53RRA的表达水平，并进一步分析其与HCC患者临床病理参数以及丙氨酸氨基转移酶(ALT'),谷氨酸氨基转移酶(AST) , y-谷氨酰转肽酶(CCT) ,碱性磷酸酶(ALP')等临床生化指标的相关性。利用ROC曲线评估血清LncRNA P53RRA对 HCC的诊断价值。结果HCC患者血清LncRNA P53RRA的表达水平(2.15+0.22)显著低于健康人对照组(3.54+0.33),差异有统计学意义( t=3.489,P<0.05)。临床病理参数分析显示,HCC患者血清LncRNA P53RRA的表达水平与肿瘤分期(X’=9.590,P<0.05)、 AFP(=5.732,P<0.05)和CCT(X'=5.732,P<0.05)相关。ROC曲线分析显示,血清LncRNA P53RRA诊断HCC 的ROC曲线下面积(AUC")为0.750(95%C1 :0.679~0.821) ,其敏感性为65.6% ,特异性为64.8% ;IncRNA P53RRA与AFP和CCT'联合检测诊断HCC的AUC为0.911(95%CI,0.867~0.953) ,敏感性和特异性分别为88.2%和70.5% ,均高于单项指标检测。结论LncRNA P53RRA有望作为一种新型的非侵入性生物学标志物,有效辅助HCC的临床诊断。

摘要:摘要:目的﹑检测并鉴定干燥综合征(SS)患者血清样本中差异表达的tRNA来源的小RNA( tsRNA )标志物,初步探究其在SS患者临床诊断中的潜在应用价值。方法﹐收集南京鼓楼医院风湿科确诊为SS的患者以及年龄,性别相匹配的健康人对照血清样本进行小RNA测序,筛选出差异表达的 tsRNA。使用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)在2组研究对象血清样本中进行验证。采用ROC曲线评估其诊断sS的临床效能。使用KECG及CO富集分析预测 tRNA-Gly-CCC-1-1在SS发生,发展过程中的潜在机制。结果与健康人对照组[13.34(10.45,18.74 ) fmol/L]相比,SS组血清样本中tRNA-Cly-GCC-1-1[8.82(7.26,12.20)fmol/L]水平显著降低(P<0.000 1),其区分SS患者及健康人对照的ROC曲线下面积(AUC"")为0.766(95%C1,0.671~0.861),当 cut-off 值为9.97 fmol/L时,其敏感性为83.33% ,特异性为64.58% ;生物信息分析提示血清tRNA-Cly-CCC-1-1参与了PI3K-Akt等信号通路的调控。结论tRNA-CGly-GCC-1-1在SS患者血清样本中呈显著低表达,具有潜在辅助诊断SS的临床应用价值。

摘要:摘要:目的﹑探讨血常规参数中的白细胞(WBC)、中性粒细胞(NEU),淋巴细胞(LYM)、单核细胞(MON)、血小板(PLT)、中性粒细胞与淋巴细胞比值(NLR)、血小板与淋巴细胞比值(PLR)和C反应蛋白(CRP)在儿童甲型流感(甲流)病毒感染中的临床应用价值。方法回顾性分析2023年9月至2024年5月于南京医科大学附属江宁医院儿科就诊且有上呼吸道症状的317例儿童,根据上呼吸道核酸六项检测结果分为甲流组( 150例)和疾病对照组(167例) ,另选择同期体检健康的儿童97例为健康人对照组。采集各组儿童的手指血标本进行各项血常规参数以及CRP检测,采用Kruskal-WallisH非参数检验比较3组间各指标参数的差异性;绘制ROC曲线,通过ROC曲线下面积( AUC"")评估各指标参数对甲流的临床诊断价值。结果甲流组NLR,PLR水平均显著高于疾病对照组和健康人对照组,WBC,LYM 水平均显著低于疾病对照组和健康人对照组(P<0.05);甲流组CRP水平显著高于健康人对照组,但显著低于疾病对照组(P<0.05)。诊断甲流感染效能最高的指标是LYM,其AUC"0为0.79,当最佳诊断界值为1.55×10'/L时,其敏感性为0.620,特异性为0.837;其次是PLR和NLR,其—AUCR分别为0.735和0.723,特异性分别为0.754和0.826,敏感性分别为0.693和0.553;MON,PLT CRP的诊断效能均较低,联合检测LYM NLR PLR,MON,PLT、CRP诊断甲流的AUC""可提升至0.838。结论﹐甲流感染儿童血常规参数中的LYM水平降低,NLR,PLR水平升高,联合检测LYM,NLR ,PLR ,MON、PLT和CRP可提高早期诊断儿童甲流感染的准确性。

摘要:摘要:目的分析从同一患者粪便样本中分离出携带bla ymw.肺炎克雷伯菌和blawp.地下亚特兰大菌的基因组特征,阐明细菌耐药机制。方法﹑采用微量肉汤稀释法检测菌株的抗菌药物敏感性(MIC) , NCG-Test CARBA-5检测碳青霉烯类耐药表型,通过全基因组测序和生物信息学分析明确菌株的基因组特征。结果﹐肺炎克雷伯菌对大多数抗生素耐药;地下亚特兰大菌对美罗培南和厄他培南耐药,对亚胺培南敏感。2株细菌均对多黏菌素,替加环素、阿米卡星,环丙沙星,氨曲南敏感。全基因组测序结果表明,肺炎克雷伯菌为STIO40型,携带8种耐药基因[ bla.ypM. aac(6')-b-er. 2, adAl6 ,adA2 ,gynrsl ,arr-3,sull和lrA27]和4种质粒复制子[ IlncR,IncU JlncFA(H1)和IncFIB(K)]。地下亚特兰大菌携带2种耐药基因(blayw.和qurSl)和1种质粒复制子(IlncN)。毒力因子分析结果显示,肺炎克雷伯菌携带菌毛、英膜,铁载体等毒力因子。地下亚特兰大菌携带菌毛鞭毛,脂多糖,内毒素等毒力因子。结论﹐从同一患者粪便样本中分离了产lda mp,酶地下亚特兰大菌和产bla o.酶肺炎克雷伯菌,并明确其基因特征。新的碳青霉烯类耐药菌株的出现给临床治疗和感染防控带来了巨大挑战,应加强对碳青霉烯酶基因的筛查与检测。

摘要:摘要:目的探讨乳酸链球菌素(Nisin)对单核细胞增生李斯特菌(LM)生长及其生物膜形成能力的影响。方法﹐采用微量肉汤稀释法检测Nisin对临床分离的23株LM的最低抑菌浓度(MIC);通过测定不同时间点培养液的吸光度,分析经Nisin作用后LM生长的动态变化;采用结晶紫染色法评估LM生物膜形成能力,并评估不同的孵育时间和温度下Nisin对LM生物膜形成的影响。结果Nisin对LM的MIC为64 ug/mL;采用64 pg/mL.(1 MIC)Nisin作用LM)~4 h后,含Nisin组培养液的吸光度与对照组相比差异均无统计学意义(P值分别为0.22,0.095和0.151);而作用6~24 h后,含Nisin组培养液的吸光度显著低于对照组,差异有统计学意义(P值分别为0.002,0.004,0.002和0.004) ;35 ℃条件下分别培养24h和48h后,Nisin可抑制LM生物膜的形成(与对照组相比,P值分别为0.0001和0.000 1) ;4℃条件下分别培养24h和48 h后,含Nisin组培养液的吸光度与对照组相比差异均无统计学意义(P值分别为0.176和0.447)。结论Nisin可抑制临床分离的 LM菌株生长以及LM生物膜形成,具有潜在的临床应用价值。

摘要:摘要:癌症是全球范围内导致患者死亡的原因之一,传统治疗方式(包括手术切除,放化疗等)虽然对早期癌症有一定的治疗效果,但仍然需要进一步开发新的诊断策略和治疗方式。铁死亡是一种铁依赖性的新型细胞死亡方式,与其他死亡方式不同,铁死亡表现为细胞内游离铁离子增多,活性氧和脂质过氧化物累积。其检测方法主要包括细胞形态检测,铁含量检测、活性氧和过氧化物检测以及铁死亡相关标志物检测等。越来越多的研究表明,诱导铁死亡能发挥重要的抗肿瘤作用,并在癌症预防,诊断,治疗和预后方面取得很大的进步。该文对铁死亡产生机制,检测方法及其在肿瘤治疗的应用进行综述,并讨论了铁死亡在癌症发生发展中的作用,以期为癌症的检测及临床治疗提供依据和新思路。

摘要:摘要:目的︰利用CEO和TCCA数据库中的单细胞数据,基因表达数据和临床信息,挖掘与肝癌预后T/NK细胞相关的差异表达基因(T/NK cell-related differentially expressed genes ,T/NK-DECs) ,并构建肝癌预后模型。方法从CGEO数据库中获得肝癌单细胞数据以及肝癌的基因表达矩阵。从TCCA数据库中获得肝癌基因组图谱(TCCA-LIHC)队列,其中包括mRNA表达数据,临床信息,生存信息,体细胞突变数据。基于以上数据集,通过生物信息学方法构建肝癌患者的预后模型,并预测该模型的性能。结果共鉴定出2个与肝癌预后相关的T/NK-DECGs,分别为PTTG1和UBE2C,并基于此构建了肝癌预后模型。根据风险评分,将患者分为高风险评分组和低风险评分组,其中高风险评分组患者预后明显较差。构建的肝癌预后模型在1年,3年和5年时间点的ROC曲线下面积(AUCS")分别为0.685,0.647和0.594,且较高的风险评分伴随较晚的临床分期(I期、ⅡⅠ期、Ⅲ期)和T分期(T1 T2、T3) ,差异有统计学意义(P<0.05)。该预后模型能够预测肝癌患者的免疫细胞比例,免疫治疗和化疗药物的敏感性。结论﹐构建的预后模型对肝癌患者的个体化生存预测和临床治疗反应具有重要的临床价值。

摘要:摘要:目的︰分析新生儿半乳糖脑苷脂酶(CGALC)基因和酶活性检测结果,为Krabbe 病的临床诊断和遗传咨询提供依据。方法收集2022年3月18日至12月31日在南京医科大学附属妇产医院出生的12744例新生儿,利用芯片捕获二代测序技术检测GAL.C基因致病变异位点,Sanger测序法进行家系验证,串联质谱法测定干血斑GAILC酶活性。GALC基因携带者与阴性新生儿比较采用两独立样本t检验。结果12744例新生儿中共检出315例GALC基因携带者,人群携带率为1/40,携带频率最高的变异位点为c.190IT>C(269例,1/47) ,其次为c.1592G>A(12例, 1/1 062)。共计4例(P1~P4)新生儿检出2个致病性变异位点(其中2例为c.1901T>C纯合变异),家系验证提示4例新生儿的2个变异位点分别来自父母,诊断为Kmabbe 病。同时对P2患儿姐姐进行家系验证发现其基因型与P2相同,诊断为Krabbe病。通过200例新生儿样本初步建立串联质谱法检测CALC酶活性切值为0.42 pu.mol/(L · h)。4例Krabbe 病患儿CALC酶活性分别为0.74,0.21,0.17和0.29 umol/(L· h),P2患儿姐姐CALC酶活性为0.28 pumol/(L· h)。除PI患儿外,P2~P4,P2患儿姐姐GALC酶活性均降低,呈阳性。结论GAL.C基因致病性变异携带率较高,热点突变为c.1901T>C,初步统计Krabe 病的患病率为1/3 186。以基因检测作为一阶筛查、酶活性检测作为二阶筛查的筛查策略能有效提高诊断效率,为临床诊断与遗传咨询提供参考依据。

摘要:摘要:肺炎克雷伯菌为定植于人依呼吸道、胃肠道黏膜的条件致病菌,可导致血流、呼吸系统、泌尿生殖系统感染的发生。高毒力肺炎克雷伯菌( hypenvirulent Klesiella pmeumoniae ,hvKP)因表达铁载体、荚膜多糖等毒力因子而呈现强致病性,能引起患者不同远端部位的侵袭性感染,易导致脓毒血症,感染性休克、多器官功能障碍,致残率、病死率高,严重威胁全球公共卫生安全。回顾性分析hKP感染患者的临床资料有助于了解其致病特征及诊治相关感染。通过PCR等技术研究hKP分离株的遗传学背景,对预防和控制hvKP的传播与流行具有重大意义。该文报道了1例糖尿病患者因感染 hvKP而出现不同远隔部位感染,并分析了hvKP菌株的分子生物学特点,以期为临床预防和诊疗hvKP感染提供参考依据。

摘要:摘要:弯曲菌除了引起胃肠道感染以外,还可引起严重的肠外感染。该文回顾了1例由空肠弯曲菌(Campylolacter jejuni)引起的腹膜透析相关性腹膜炎病例的诊治过程。通过优化细菌培养条件发现该菌株更适宜在42℃环境中生长;药敏结果显示其对红霉素敏感,对环丙沙星及四环素耐药;并检测到cmeA ,cmeC和tet(0)基因及gyrA C25TT(Thr-86-lle)点突变。该研究为空肠弯曲菌引起的腹膜透析相关性腹膜炎的诊治提供了参考,目前该菌对常用抗菌药物存在耐药情况,应规范体外药物敏感性试验,指导临床合理抗菌治疗。

摘要:摘要;该文报道了1例以淋巴结肿大为首发症状的成人B淋巴母细胞淋巴瘤伴急性髓系白血病患者。该病例经淋巴结病理诊断为B淋巴母细胞淋巴瘤,骨髓细胞涂片,骨髓流式免疫分型和骨髓活检等均符合急性髓系白血病,染色体核型为复杂核型47,XX,+4,add(18)(q21)[ 15]/49, idem , +14, +21[4]/46,XX[2],骨髓靶基因深度测序检出 NPMI ,JAK3,SH2B3 ,1L.7R和KRAS基因突变。该患者治疗采用兼顾淋系和髓系的VP和DA化疗方案,第一和第二疗程治疗后均达完全缓解。